1、玻璃膠最常出現的問題是變黑發霉，即使是使用防水玻璃膠、防霉玻璃膠也不能完全避免此類問題的發生。因此長期有水或浸水的地方不宜使用中性玻璃膠施工，但是可以使用酸性玻璃膠。
2、對玻璃膠有所了解的人應都會知道玻璃膠是一種有機物質，易溶于油脂、6號溶劑油、丙酮等有機溶劑物質，因此玻璃膠不能與含有此類物質的基材上施工。
3、普通的玻璃膠都要有空氣中的水分的參與才能固化，特種和特殊用途的玻璃膠(如厭氧膠)除外，因此如果您要施工的地方為密閉空間且干燥無比，那么普通玻璃膠將無法勝任。
4、玻璃膠要粘接基材的表面必需為干凈，不能有其他附著物(例如粉塵等)，否則玻璃膠固化后將會出現粘接不牢或脫落的現象。
5、酸性玻璃膠在固化過程中會釋放出酸性氣味，如有感覺不適，可在施工后打開門窗，待完全固化后并等氣體散發完畢后再入住。
